Анализ непредвиденных обстоятельств: код R для примеров из главы 9

Содержание: [Показать]

Наведите указатель мыши на аргумент функции, чтобы кратко описать его значение. Имена переменных взяты из примеров ниже.

Соотношение шансовпри использовании пакета epitools:

\ (\ chi ^ 2 \) проверка на непредвиденные обстоятельства:

Точный тест Фишера:

Другие новые методы:

  • Относительный риск.
  • G-тест.
  • Мозаичный график для исследования случай-контроль.

Рисунок 9.1-1. Секс и выживание на Титанике

Мозаичный сюжет,показывающий связь между сексом и выживанием на потерпевшем кораблекрушение "Титанике".

Прочтите и изучите данные.

Таблица непредвиденных обстоятельствсвязи между полом и выживанием. Функция addmargins включает суммы строк и столбцов с таблицей непредвиденных обстоятельств.

Мозаичный сюжетобъединения.

Пример 9.2. Аспирин и рак

Отношение шансови относительный рискдля оценки связи между лечением аспирином и заболеваемостью раком в таблице сопряженности 2x2.

Прочтите и изучите данные.

Таблицасопряженности 2 x 2,показывающая связь между лечением аспирином и заболеваемостью раком (таблица 9.2-1).

Мозаичный график,показывающий ассоциацию (Рисунок 9.2-1).

Рассчитайте отношение шансовс помощью пакета epitools. Установите пакет, если вы еще этого не сделали (это нужно сделать только один раз для каждого компьютера после того, как вы установили R). Для использования загрузите пакет epitools (это нужно делать только один раз за сеанс R).

Формулы для отношения шансов и относительного риска в книге предполагают, что таблица непредвиденных обстоятельств имеет макет, точно такой же, как CanceTable, а именно

Этот макет работает для функции отношения шансов.

Полученный результат отношения шансов включает в себя множество случайных вычислений. Чтобы получить чистый результат только для отношения шансов, включая 95% доверительный интервал, используйте вместо этого следующее.

Для пошаговых расчетов отношения шансов и доверительного интервала мы делаем следующее:

Рассчитайте относительный рискс помощью пакета epitools. Макет, ожидаемый функцией riskratio, полностью противоположен макету, используемому в книге. Чтобы использовать команду с таблицей непредвиденных обстоятельств в книжном стиле (например, CanceTable), нам нужно перевернуть (транспонировать) таблицу и изменить порядок строк. Мы можем сделать все это сразу с помощью следующих аргументов функции riskratio.

Обратите внимание, что результат немного отличается от значения относительного риска, приведенного в книге для тех же данных (1.007), потому что здесь уменьшается ошибка округления.

Для получения чистого вывода только для относительного риска, включая 95% доверительный интервал, используйте следующую команду:

Для пошаговых расчетов относительного риска мы делаем следующее.

Пример 9.3. Токсоплазма и дорожно-транспортные происшествия

Отношение шансовдля оценки связи между инфекцией Toxoplasma и дорожно-транспортными происшествиями в исследовании случай-контроль2 x 2 .

Прочтите и изучите данные.

Таблица непредвиденных обстоятельств 2 x 2(Таблица 9.3-1).

Мозаичный график для исследования случай-контроль(рис. 9.3-1).

Отношение шансовс использованием эпитулов.

Пример 9.4. Червь достает птицу

Тестна непредвиденные обстоятельства \ (\ chi ^ 2 \)для проверки связи между статусом трематодной инфекции у килли и их судьбой (съедены или не съедены) в присутствии хищных птиц.

Прочтите и изучите данные.

Установите предпочтительный порядок категорий заражения в таблицах и графиках.

Таблица непредвиденных обстоятельств(Таблица 9.4-1). Функция addmargins добавляет суммы строк и столбцов к отображению таблицы.

Мозаичный участок(рисунок 9.4-1).

\ (\ chi ^ 2 \) проверка на непредвиденные обстоятельства. Мы включаем аргумент правильно = ЛОЖЬ, чтобы избежать исправления Йетса. Это не имеет никакого эффекта, кроме таблиц 2 x 2, но мы сохраняем его здесь для демонстрационных целей.

В ожидаемых частотах под нулевой гипотезойвключаются с результатами, но , как правило , не показаны. Введите saveChiTest $, который должен их извлечь. Включите функцию addmargins, если вы хотите также видеть суммы строк и столбцов.

\ (G \) -testприменяется к данным о червях-птицах (раздел 9.6). R не имеет простой встроенной функции для проведения \ (G \) -теста с данными согласия. Код для команды g.test Брент Ларджет доступен здесь. Ниже мы получаем этот код, который затем позволяет вам использовать его функцию g.test.

Пример 9.5. Кормление летучих мышей-вампиров

Точный тест Фишера насвязь между эстральным статусом коров и тем, были ли укусы коров летучими мышами-вампирами.

Прочтите и изучите данные.

Таблица непредвиденных обстоятельств(Таблица 9.5-1).

Ожидаемые частоты при нулевой гипотезе независимости. R жалуется на нарушение предположений. На случай, если вы не заметили.

Точный тест Фишера. Вывод включает оценку отношения шансов, но использует другой метод, чем в нашей книге.